芒果叶绿体基因组密码子使用偏好性分析（二） 双尾检测相关性不显著
我要评论2.2 中性绘图分析
芒果叶绿体基因组GC12的芒果密码取值范围在0.33～0.56之间，GC3的叶绿因组取值范围在0.18～0.32之间，基因全部落在中线对角线上方（图1）。体基GC12与GC3的使用相关系数0.279（表2），双尾检测相关性不显著，偏好回归系数（曲线斜率）为0.3544，性分析相关性较弱。芒果密码结合图1和表2表明芒果叶绿体基因组密码子第1、叶绿因组2位和第3位碱基之间关联性不大，体基自然选择在芒果叶绿体基因组密码子偏好使用中起主要作用。使用
2.3 ENC-plot绘图分析
ENC-plot绘图以ENC比值[（预期ENC值～实际ENC值）/预期ENC值]和ENC比值频数判断偏好性影响因素，偏好揭示ENC与GC3s的性分析关系，反映碱基组对密码子偏好性的芒果密码影响程度。基因坐标点离标准曲线的叶绿因组距离近且数量较多说明偏好性主要受到突变的影响；反之说明偏好性受选择的影响较大。图2结合表3显示60%共33个基因分布在–0.05～0.05之间，体基这33个基因的实际ENC值与预期ENC值接近，与标准曲线的距离较近，分布在–0.05～0.05之外的基因有22个，这22个基因与预期ENC值较远，在标准曲线较远的位置。说明芒果基因组密码子偏好性与GC3的差异有关，突变对芒果叶绿体基因组密码子偏好性的影响较大。
2.4 PR2-plot绘图分析
PR2-plot绘图通过分析密码子第3位碱基的组成关系，揭示密码子使用偏好性的影响因素。由图3可以看出芒果基因在4个区域内分布不均匀，多数分布于平面图的左下方。T和C在密码子第3位出现的频率较高，G与C、A与T的使用频率不相等，T的使用频率高于A，C的使用频率高于G，嘧啶的使用频率高于嘌呤，说明突变不是影响芒果密码子使用偏好性的唯一因素，选择等其他因素对芒果密码子使用偏好性也产生一定的影响。
2.5 相对同义密码子使用度分析
利用codonW软件对芒果55条基因序列的RSCU值进行计算（表4）。结果显示RSCU＞1的密码子共31个，出现频率相对较高的是以A（13个）或T（16个）结尾的密码子，是芒果基因组偏爱；以G（1个）或C（1个）结尾的密码子出现的频率较低且RSCU值多小于1，说明这些是基因组非偏好的密码子。
相关链接：芒果，基因组，嘧啶，嘌呤
声明：本文所用图片、文字来源《热带作物学报》，版权归原作者所有。如涉及作品内容、版权等问题，请与本网联系
相关文章
今日早盘，三大股指小幅低开，沪指随后震荡拉升翻红，深成指、创业板指低位震荡，临近午盘沪指涨幅收窄。午后，三大股指继续下探，沪指再度失守3200点关口，创业板指创年内新低。截至今日收盘，上证指数报3192025-05-09
专家称未来6~12个月仍有升值空间昨日，人民币兑美元即期汇率盘中升破6.20的大关，不过收盘略微走低报6.2056。自上周即期汇率止跌后，本周以来人民币即期汇率累计涨0.1%。专家分析认为，中国经济企2025-05-09
由于流动性和收益都被“宝宝们”比下去，曾经如日中天的定期开放债基(以下简称“定开债基”)日子越来越不好过了。不仅是新发的不好卖，已经成立的基金也得千方百计避免出意外。泰达宏利基金公司(以下简称“泰达宏2025-05-09
讯记者从省发改委获悉，2014年扬州市中小企业集合债券获国家发改委批准发行。中小企业集合债券是缓解中小企业融资难、融资贵问题和有效拓宽中小企业直接融资渠道的债务融资创新工具。本期债券期限6年，获批规模2025-05-09
1月24日，2025年全市水利工作会议在市政务中心召开。副市长刘博夫出席会议并讲话。刘博夫指出，去年全市水利系统统筹推进水灾害、水资源、水生态、水环境治理，工作取得新成效，有效应对旱涝急转的复杂局面，2025-05-09
银保渠道曾是拼保费规模最有效的捷径，但目前因运营成本高企、销售监管趋紧，部分险企的银保增长乏力。五大上市险企近期公布的业绩报告显示，银保总体保费已出现了明显下滑，为了摆脱对银保渠道的依赖，各险企纷纷借2025-05-09
最新评论